解：A、化石是由古代生物的遗体、遗物或生活痕迹等，由于某种原因被埋藏在地层中，经过漫长的年代和复杂的变化而形成的．在研究生物进化的过程中，化石是最直接的、比较全面的证据．不符合题意．

B、始祖鸟既具有鸟类的特点前肢特化为翼，有具有爬行动物的特点，翼的末端有爪，因此始祖鸟化石说明了鸟类是由古代的爬行动物进化来的，是由爬行类进化到鸟类的一个过渡类型．符合题意．

C、在人类进化过程中，慢慢会使用和制造工具，手的活动，刺激了脑的发育，并用火烧熟食物来吃，增加了脑的营养等，因此在人的进化中发生显著变化的是脑容量增加．不符合题意．

D、达尔文是进化论的提出者，他认为，自然选择过程是一个长期的、缓慢的、连续的过程，生物进化的主要原因是自然选择．不符合题意．

故选：B

【考点精析】本题主要考查了化石证据的相关知识点，需要掌握化石在地层中的分布规律：越古老的地层中，成为化石的生物越简单、越低等，以水生生物为主；越晚近的地层中，成为化石的生物越复杂、越高等，以陆生生物为主才能正确解答此题．