生物的多样性面临着严重的威胁，为保护生物的多样性，我们采取了不同的措施，保护生物多样性最为有效的措施是建立自然保护区，建立自然保护区是指把包含保护对象在内的一定面积的陆地或水体划分出来，进行保护和管理；建立自然保护区对于我国生物多样性的保护起到了重要的作用。

①修建青藏铁路时，采取了绕避、设置通道等措施，是增加了青藏铁路的建设投资，①错误。

②当经济利益与保护生物的多样性发生冲突时，我们以保护生物的多样性为主，并不是自然界面前是无能为力的，②错误。

③青藏铁路穿过可可西里等自然保护区的线路时采取绕避、设置安全通道等措施，这样做有利于保护该自然保护区内的生物的栖息环境，有利于保护生态平衡，③正确。

④青藏铁路穿过可可西里等自然保护区的线路时采取绕避、设置安全通道等措施，这样做的意义是有利于保护该自然保护区内的生物的栖息环境，进而保护了当地的野生动物，有助于保护生物的多样性。有利于保持生物多样性，④正确。故选：D。