生物组织中化合物的鉴定：

（1）斐林试剂可用于鉴定还原糖，在水浴加热的条件下，产生砖红色沉淀。斐林试剂只能检验生物组织中还原糖（如葡萄糖、麦芽糖、果糖）存在与否，而不能鉴定非还原性糖（如蔗糖、淀粉等）。

（2）蛋白质可与双缩脲试剂产生紫色反应。

（3）脂肪可用苏丹Ⅲ染液（或苏丹Ⅳ染液）鉴定，呈橘黄色（或红色）。

（4）甲基绿能使DNA呈绿色，吡罗红能使RNA呈红色。

A、还原糖鉴定实验中不需要使用酒精，A错误；

B、蛋白质鉴定实验中不需要使用显微镜、盐酸，B错误；

C、脂肪被苏丹Ⅳ染液染成红色，C错误；

D、DNA主要分布在细胞核中，RNA主要分布在细胞质中，甲基绿能使DNA呈绿色，吡罗红能使RNA呈红色，故用甲基绿和吡罗红染色后，细胞核呈绿色、细胞质呈红色，D正确。

故选D。